W 1598 r. król Zygmunt III Waza zadecydował o powrocie świątyń w ręce katolików. Luteranie byli zmuszeni odprawiać nabożeństwa w kaplicy zamkowej, potem w spichrzu, przejściowo w kościele Świętego Ducha. Kaplicę św. Jerzego zniszczyła powódź.
W 1621 r. stanowisko polskiego diakona przekształcono w etat kaznodziei – II proboszcza. Nabożeństwa w języku polskim odbywały się regularnie, nawet jeśli groziło to procesami ze strony katolickich duchownych, pragnących ograniczyć oddziaływanie kazań ewangelickich tylko do wiernych niemieckojęzycznych tak, by nie miały wpływu na szersze kręgi społeczne.
Od 1624 r. przez półtora stulecia nabożeństwa odbywały się w ciasnej i niskiej sali w przyziemiu ratusza na Rynku, obok mieściła się szkoła. Nie wolno było używać dzwonów. Była to sytuacja charakterystyczna dla szeregu miast pruskich.
Kolejni królowie polscy zatwierdzali wolność wyznaniową miasta, mimo to nieraz dochodziło do konfliktów z biskupami chełmińskimi, duchowieństwem oraz popierającymi ich starostami i trzeba było ponownie apelować do monarchy.
Podczas szwedzkiego potopu i odbijania Grudziądza przez wojska polskie w 1659 r. spłonęła większa część miasta, w tym ratusz z kaplicą. Odbudowa domu modlitwy była natychmiastowa i w kolejnych latach miały miejsce liczne fundacje elementów wyposażenia.