Zabór pruski w 1772 r. oznaczał dla Grudziądza odmianę także w dziedzinie życia religijnego. Wyrazem nowej epoki stało się poświęcenie w 1785 r. kościoła na Rynku obok ratusza. Na cześć króla Fryderyka II, który wsparł budowę finansowo, zwany był kościołem Fryderykowskim. Przynajmniej do ok. 1800 r. odbywały się w nim, obok niemieckich, także nabożeństwa w języku polskim. Jeszcze w 2 poł. XIX w. sporadycznie organizowano nabożeństwa polskie dla nielicznych poborowych nieznających niemieckiego.
Po 1817 r. parafia weszła w skład pruskiego Kościoła Ewangelicko-Unijnego.
Duże zmiany przyniósł schyłek XIX stulecia. Parafia rosła liczebnie wraz z miastem i w roku 1898 poświęcono duży neogotycki kościół przy ul. Mickiewicza, wzniesiony wg projektu architekta Augusta Menkena z Berlina, 3 plebanie, a z czasem Dom Parafialny z ogromną salą koncertową i salami zebrań.
Siedziby uzyskały sierociniec dla dziewcząt – Fundacja Borrmanna przy ul. Młyńskiej i Fundacja Petersona dla chłopców (ul. Chełmińska, potem Parkowa), szpital ewangelicki przy ul. Solnej (przytułek dla kobiet), Misja Miejska przy ul. Kosynierów Gdyńskich (obecnie kościół ewangelicko-metodystyczny) i inne. Działały liczne organizacje m.in. Towarzystwo Biblijne. Rozkwitło życie muzyczne.
Na cmentarzu wzniesiono kaplicę ufundowaną przez Jakoba Martina von Schönborna w 1840 r., powstały okazałe grobowce rodzinne. Pod koniec wieku obok cmentarza zbudowano dom opieki dla starców.
W 1894 r. poświęcono nowy cmentarz w Lasku Miejskim z zabudową projektu inż. Roberta Herzfelda. Pruskie wojsko w 1824 r. zajęło kościół Świętego Ducha, który następnie (od 1900 r.) przeznaczony został dla żołnierzy katolików, gdyż oddano do użytku nowy kościół garnizonowy projektu Ferdinanda Schönhalsa z Berlina na Górze Fortecznej.
U progu I wojny światowej pruski Grudziądz liczył wraz z garnizonem ponad 40 tys. mieszkańców, z czego 27 tys. ewangelików. W skład parafii wchodziło również kilkadziesiąt wsi. Planowano budowę kolejnego kościoła na Chełmińskim Przedmieściu. Kilkudziesięciu Polaków deklarowało przynależność do kościoła ewangelickiego, lecz ich obecności nie dostrzegano, ponieważ była to doba Hakaty i nacjonalizmów.