Pierwszą manifestacją nowej nauki w Grudziądzu stało się kazanie, które w okolicach Bożego Narodzenia 1524 r. wygłosił Erhard von Queiss, biskup pomezański z Kwidzyna. Jego wystąpienie umożliwił Jan Sokołowski, starosta grudziądzki. Ziarno padło ewidentnie na żyzną glebę duchową, wzrost był powolny, lecz stały. Biskup von Queiss już w styczniu 1525 roku rozpoczął dzieło zreformowania swojej diecezji.
Już w 1540 r. w Grudziądzu powstała szkoła miejska o ewangelickim charakterze, w latach 1552-1553 kazania głosił ks. dr Joachim Mörlin z Królewca, późniejszy luterański biskup sambijski.
W 1563 r. został wprowadzony w urząd pierwszy proboszcz ewangelickiej parafii grudziądzkiej, ks. Eberhard Sperber. Wreszcie, dzięki staraniom burmistrza Krzysztofa Napsa i sekretarza rady miejskiej Michała Kahla, w 1569 r. miasto otrzymało królewski dekret Zygmunta Augusta, dopuszczający swobodę wyznania augsburskiego. Kościoły – fara, szpitalny Świętego Ducha i cmentarna kaplica św. Jerzego – przeszły w ręce ewangelików. Od 1568 r. istniało stanowisko polskiego diakona – ważna funkcja z uwagi na polskojęzycznych wyznawców.